Tegemist on funktsionaalse häirega, see tähendab, et diagnoosi panemiseks peab palju orgaanilisi haigusi ja toidutalumatusi välistama, eelkõige laktoositalumatuse, tsöliaakia, kilpnäärmehaigused jm. Mõju avaldavad ka jämesoole mikroobide koosluse muutused jm faktorid. Kindlasti soodustab soole ärritussündroomi teket ka stressirikas elu.